Comparación estructural de proteínas

Las proteinas se componen de un juego de 20 aminoácidos distintos, unidos en cualquier orden lineal. La secuencia de aminoácidos se denomina, secuencia primaria, ésta última, forma estructuras secundarias a través de interacciones intermoleculares, que a su vez forman estructuras terciarias.

La estructura tridimensional de las proteínas, en la mayoría de los casos, da luz a los mecanismos catalíticos e interacciones potenciales entre otras moléculas, ambos aspectos ayudan a inferir la función molecular de una proteína.

Cuando se necesita hacer una comparación entre proteínas, se recurre en bioinformática a un alineamiento, ya sea por pares o múltiple, sin embargo a este nivel solo podemos obtener información a nivel de residuos aminoacídicos, lo cual puede darnos una idea de la similaridad entre las secuencias de las proteínas analizadas, si estas últimas son conservadas, resultarán estructuras similares. Sin embargo, la estructura de las proteínas, es más conservada que las secuencias durante la evolución, lo cual facilita que se conserve la función biológica de las proteínas. Esto es muy útil para establecer relaciones evolutivas distantes, no detectables por métodos basados en secuencias.

La comparación de estructuras puede servirnos para:

• El análisis de cambios conformacionales, respecto a la unión de ligando.
• La detección de relaciones evolutivas distantes.
• El análisis de la relación estructural en las familias de proteínas.
• La identificación de motivos estructurales comunes.

A continuación se listan algunos de los recursos en internet para la comparación de estructuras, de proteínas.

• FAST
• MultiProt
• SuperPose 1.0
• SALIGN
• K2, KSA
• CE, server
• Dalite
• Protein3Dfit
• OPAAS
• FATCAT
• RCSB Protein comparision tool
• POSA
• GANGSTA+
• TopMatch
• PDBj superposition server
• C-alpha match
• SSM
• deconSTRUCT
• ALADYN
• Smolign