Búsqueda de motivos en proteínas

Para descubrir las funciones de una proteína, que no corresponde a ninguna de las secuencias en las bases de datos. Lo cual ocurre frecuentemente, para las proteínas predichas de un genoma recién completado, que no tiene homólogos identificables.

Aún si no se conocen homólogos, una proteína puede tener características tales como, dominios transmembranales, sitios potenciales de fosforilación o estructura secundaria predicha. Estos rasgos dan pistas de la estructura y/o función de una proteína.

Para proteínas que tienen ortólogos y/o parálogos, existen regiones de identidad significativa en aminoácidos, que comparten características estructurales sustanciales y/o identidad de secuencias, lo cual tiene una variedad de nombres como: firmas, dominios, módulos, elementos modulares, motivos, patrones o repetidos.

En esta ocasión, dedicaremos esta sección a los motivos:

Podemos definir un motivo como un patrón conservado de aminoácidos, que puede ser encontrado en una o más proteínas, que pertenecen a un grupo de proteínas con actividad bioquímica similar, los cuales frecuentemente estan cerca del sitio activo de una proteína.

Algunas de las herramientas en línea para buscar motivos en proteínas son las siguientes:

• MnM 2.0 Minimotif miner, analiza la presencia de motivos funcionales, involucrados en las modificaciones posttraduccionales, unión a otras proteínas, ácidos nucléicos o pequeñas moléculas o tráfico de proteínas.

• Motif Scan Busca todos los motivos conocidos en una secuencia.

• NetPhosK 1.0 Server Predice sitios de fosforilación por cinasas de eucariotes por medio de redes neuronales, de las siguientes cinasas: PKA, PKC, PKG, CKII, Cdc2, CaM-II, ATM, DNA PK, Cdk5, p38 MAPK, GSK3, CKI, PKB, RSK, INSR, EGFR and Src.

• NetPhos 2.0 Server Predice por redes neuronales, sitios de fosforilación en serina, treonina y tirosina para proteínas de eucariotes.