bioinformática

El contenido de este post puede ser abierto de forma interactiva en Google Colab Rychlik (1993) publicó una guía sobre la selección de primers para la Reacción en Cadena de la polimerasa (PCR) donde menciona una gráfica de estabilidad interna para los oligos, la cual puede obtenerse utilizando Oligo 7. Esta gráfica puede ayudarnos a evitar el mispriming (sitios falsos de unión a la secuencia blanco) a partir del valor de $\Delta G$ de los pentámeros del oligo....

El término bioinformática conceptualiza la biología en términos de moléculas (proteínas, ácidos nucléicos) y la aplicación de técnicas informáticas para entender y organizar este tipo de información biológica. Así que su meta principal tiene que ver con poder encontrar información guardada dentro de los organizamos vivos y depende de conceptos y aplicaciones de la biología, las ciencias de la computación y el análisis de datos. La bioinformática es predictiva Para poder encontrar el sentido de los datos biológicos debemos hacer predicciones acerca de lo que ya conocemos, es decir obtener conocimiento biológico por comparación con lo que se conoce....

¿Qué es un primer? Los primers son secuencias cortas de moléculas de ácidos nucléicos (entre 18 a 24 pares de bases) que son utilizados para la amplificación de un gen o un fragmento de ADN de interés, mediante la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR). De tal forma que los cebadores o primers, son uno de los principales ingredientes para una reacción de PCR, y de ellos depende la especificidad, porque al unirse complementariamente a las dos cadenas de ADN de la secuencia molde, fijan por así decirlo las coordenadas donde se llevará acabo la reacción....

Los datos que utilizaremos vienen de un estudio de Chiaretti et al. sobre la leucemia linfoblastica aguda (ALL), la cual fue conducida con chips de microarreglos HG-U95Av2 de Aymetrix. El paquete de datos ALL contiene los datos de expresion del experimento, normalizados con rma (las intensidades estan en escala log2), junto con las anotaciones de las muestras. Para ello utilizaremos R /Bioconductor Si no has instalado Bioconductor previemente necesitas correr las siguientes líneas...

Las proteinas se componen de un juego de 20 aminoácidos distintos, unidos en cualquier orden lineal. La secuencia de aminoácidos se denomina, secuencia primaria, ésta última, forma estructuras secundarias a través de interacciones intermoleculares, que a su vez forman estructuras terciarias. La estructura tridimensional de las proteínas, en la mayoría de los casos, da luz a los mecanismos catalíticos e interacciones potenciales entre otras moléculas, ambos aspectos ayudan a inferir la función molecular de una proteína....