Este blog tiene archivados algunos archivos históricos de bioinformática, donde las herramientas mencionadas ya no estan disponibles actualmente
Western Blotting Parte III: Inmunodetección
Tras separar las proteínas por SDS-PAGE y transferirlas a una membrana de nitrocelulosa o PVDF, el siguiente paso del western blot es la inmunodetección. En esta etapa, anticuerpos específicos reconocen la proteína inmovilizada, formando complejos antígeno–anticuerpo que posteriormente se hacen visibles mediante un sistema de detección quimioluminiscente, fluorescente o colorimétrico ( Citation: Kurien & Scofield, 2015 Kurien, B. & Scofield, R. (2015). Western blotting: An introduction. In Methods in Molecular Biology. (pp. 381–391). Humana Press. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-2694-7_38 ) . ...
Estabilidad interna de primers con python
El contenido de este post puede ser abierto de forma interactiva en Google Colab Rychlik (1993) publicó una guía sobre la selección de primers para la Reacción en Cadena de la polimerasa (PCR) donde menciona una gráfica de estabilidad interna para los oligos, la cual puede obtenerse utilizando Oligo 7. Esta gráfica puede ayudarnos a evitar el mispriming (sitios falsos de unión a la secuencia blanco) a partir del valor de $\Delta G$ de los pentámeros del oligo. ...
¿Qué es la Bioinformática?
El término bioinformática conceptualiza la biología en términos de moléculas (proteínas, ácidos nucléicos) y la aplicación de técnicas informáticas para entender y organizar este tipo de información biológica. Así que su meta principal tiene que ver con poder encontrar información guardada dentro de los organizamos vivos y depende de conceptos y aplicaciones de la biología, las ciencias de la computación y el análisis de datos. La bioinformática es predictiva Para poder encontrar el sentido de los datos biológicos debemos hacer predicciones acerca de lo que ya conocemos, es decir obtener conocimiento biológico por comparación con lo que se conoce. ...
Diseño De Primers Para PCR
¿Qué es un primer? Los primers son secuencias cortas de moléculas de ácidos nucléicos (entre 18 a 24 pares de bases) que son utilizados para la amplificación de un gen o un fragmento de ADN de interés, mediante la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR). De tal forma que los cebadores o primers, son uno de los principales ingredientes para una reacción de PCR, y de ellos depende la especificidad, porque al unirse complementariamente a las dos cadenas de ADN de la secuencia molde, fijan por así decirlo las coordenadas donde se llevará acabo la reacción. ...
Western Blotting Parte II: Blotting
La transferencia de proteínas o ácidos nucléicos a una membrana inmovilizante, es referida como “blotting”, la transferencia puede ser realizada por difusión molecular, por un flujo de buffer inducido por la succión (microfiltración) o acción capilar, el método utilizado de manera más frecuente es la electrotransferencia. La difusión es un método simple pero muy ineficiente para aplicar a la mayoría de las transferencias, exepto para las transferencias de geles de agarosa. Generalmente las proteínas separadas en geles de poliacrlilamida se procesan por electroblotting, que utiliza la furza motriz de un campo eléctrico para que las proteínas eluyan desde el gel para inmovilizarlos en una matriz. Este método es rápido, eficiente y mantiene una alta resolución del patrón de bandas de las proteínas separadas por electroforesis. ...
Western Blotting Parte I: Electroforesis
El western blott o inmunoblott es un inmunoensayo en el cuál anticuerpos específicos son utilizados como sondas marcadas. Esta técnica permite comparar la abundancia de las proteínas separadas por electroforesis en gel, utilizando carriles distintos para cada una de las muestras. La técnica puede dividirse en 5 pasos Electroforesis Blotting Inmunodetección Imagen Análisis (Cuantificación) Electroforesis Cualquier molécula cargada en solución, migrará en un campo eléctrico aplicado, un fenómeno conocido como electroforesis. La velocidad de migración dependerá del campo eléctrico y de la densidad de carga de la molécula, esto es, la relación de masa/carga. Debido a que las proteínas disueltas tienen una carga neta, una solución que contiene una mezcla de proteínas, puede en teoría ser resuelta por una electroforesis, dado que las proteínas distintas con densidades de carga diferentes, migran hacia los electrodos apropiados a diferentes velocidades, sin embargo una separación efectiva nunca se alcanza dado que todas las proteínas están inicialmente distribuídas en la solución. La respuesta a este problema, es cargar la solución de proteínas en un amortiguador (buffer), permitiendo que las proteínas con densidades de carga distintas migren a zonas discretas. ...
Modelos animales de estrés en farmacología
Los modelos animales, ofrecen la mejor aproximación, para entender los procesos de estrés en organismos biopsicosociales. En el laboratorio, se utilizan estresores psicológicos y físicos. Ejemplos de los últimos, son la restricción corporal y la exposición a un ambiente frío. Los procedimientos de estrés psicológico usualmente implican un proceso de aprendizaje, que requiere de más de una condición de tratamiento experimental, de manera que los componentes psicológicos, puedan ser extraídos puramente del estresor físico. ...
Física con Análisis de Video Utilizando Logger Pro
La tecnología de análisis de video permite a los estudiantes hacer mediciones precisas de la posición de un objeto en el transcurso del tiempo durante su movimiento. Los Maestros de Física y docentes de todos los niveles, encontrarán que esta tecnología hace posible un análisis detallado de situaciones físicas que normalmente no sería posible analizar debido a las dificultades de medición, tiempo, costo y/o consideraciones de seguridad. Los Maestros de matemáticas también podrán descubrir que el análisis de video es un método económico y útil para estudiar ejemplos de fenómenos del mundo real que pueden ser descritos por gráficas y relaciones lineales, cuadráticas, hiperbólicas y sinusoidales. ...
Utilizando R para analizar datos de cinética
R es un lenguaje de programación estadístico y gráfico, que através del proyecto bioconductor puede ser usado para analisis bioinformáticos, en esta ocasión lo utilizaremos para graficar y analizar datos cinéticos. El siguiente tutorial, está basado en el problema 1 del capítulo 4 del libro Biochemical Calculations de Irwin H Segel, y se mostrará como obtener $V_{max}$ y $Km$ a partir del análisis de los datos cinéticos por la gráfica de Lineweaver-Burk. ...
Introducción al análisis de microarreglos
Los datos que utilizaremos vienen de un estudio de Chiaretti et al. sobre la leucemia linfoblastica aguda (ALL), la cual fue conducida con chips de microarreglos HG-U95Av2 de Aymetrix. El paquete de datos ALL contiene los datos de expresion del experimento, normalizados con rma (las intensidades estan en escala log2), junto con las anotaciones de las muestras. Para ello utilizaremos R /Bioconductor Si no has instalado Bioconductor previemente necesitas correr las siguientes líneas ...